Ecuadorin historian varhaisvaiheilta on löytynyt keramiikkaa Valdivian kulttuurin ajalta noin 3500–1800 eaa. Ennen inkojen tuloa maassa ei kuitenkaan ollut valtiojärjestelmiä eikä kaupunkeja. Inkat alkoivat levittäytyä 1400-luvun loppupuolella, ja Quitosta tuli Huayna Capacin kaudella jopa valtakunnan toinen pääkaupunki. Espanjalaiset valloittivat Ecuadorin inkavaltiolta vuonna 1533 ja integroivat sen osaksi Perun varakuningaskuntaa. Espanjan siirtomaahallinto vaikutti erityisesti vuoriston Sierrassa.
Ecuadorin itsenäisyyssodan ratkaiseva taistelu käytiin toukokuussa 1822. Sen jälkeen Quiton audiencia päätti liittyä Suur-Kolumbiaan, mutta lyhytaikaiseksi jäänyt liitto päättyi kahdeksan vuotta myöhemmin, jolloin Ecuador itsenäistyi. Itsenäiseen Ecuadoriin syntyi nopeasti kahden poliittisen liittouman välinen kilpailu, ja maan politiikkaa hallitsivat pitkään Quiton konservatiivit ja Guayaquilin liberaalit.
Ecuadorissa oli 1900-luvulla useita vallankaappauksia ja sotilashallituksia. Siviilihallintoon maa palasi vuonna 1979. 2000-luvulla valta-aseman on ottanut sosiaalidemokraattinen Alianza PAIS.